Предполагаемое решение проблемы:

Были произведены различные эксперименты и было выявлено, что в gpupdate-scripts-run-user.service отсутствует необходимые зависимости. То есть я предполагаю, что перед ним должна запускаться служба gpupdate-user.service,чтобы политика отрабатывалась как необходимо, которая по умолчанию отключена.
[sambauser2@altwks1 ~]$ systemctl --user status gpupdate-user.service
○ gpupdate-user.service - gpupdate in userspace
     Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/user/gpupdate-user.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: inactive (dead)
TriggeredBy: ● gpupdate-user.timer
[sambauser2@altwks1 ~]$ systemctl --user show gpupdate-user.service | grep -E "After=|Before=|Requires=" 
Requires=basic.target app.slice
Before=shutdown.target
After=gpupdate-user.timer basic.target app.slice
[sambauser2@altwks1 ~]$ systemctl --user show gpupdate-scripts-run-user.service | grep -E "After=|Before=|Requires=" 
Requires=basic.target app.slice
Before=default.target shutdown.target
After=basic.target app.slice
[sambauser2@altwks1 ~]$ 
Если выполнить редактирование службы gpupdate-scripts-run-user.service , то политика будет отрабатывать сразу.
[root@altwks1 ~]# cat  /usr/lib/systemd/user/gpupdate-scripts-run-user.service
[Unit]
Description=Run Group Policy scripts for a user
After=gpupdate-user.service
Requires=gpupdate-user.service

[Service]
Type=oneshot
RemainAfterExit=true
ExecStart=/usr/libexec/gpupdate/scripts_runner --mode USER --action LOGON --user %u
ExecStop=/usr/libexec/gpupdate/scripts_runner --mode USER --action LOGOFF --user %u

[Install]
WantedBy=default.target

Проверим на sambauser3

[sambauser3@altwks1 ~]$ systemctl --user status gpupdate-user.service
○ gpupdate-user.service - gpupdate in userspace
     Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/user/gpupdate-user.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: inactive (dead) since Mon 2024-06-17 03:04:06 MSK; 20s ago
TriggeredBy: ● gpupdate-user.timer
    Process: 3662 ExecStart=/usr/bin/gpupdate --target USER (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 3662 (code=exited, status=0/SUCCESS)
        CPU: 64ms

июн 17 03:04:04 altwks1.test.alt systemd[3653]: Starting gpupdate in userspace...
июн 17 03:04:06 altwks1.test.alt gpupdate[3662]: Apply group policies for sambauser3.
июн 17 03:04:06 altwks1.test.alt systemd[3653]: Finished gpupdate in userspace.
[sambauser3@altwks1 ~]$ systemctl --user status gpupdate-scripts-run-user.service
● gpupdate-scripts-run-user.service - Run Group Policy scripts for a user
     Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/user/gpupdate-scripts-run-user.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (exited) since Mon 2024-06-17 03:04:06 MSK; 29s ago
    Process: 3778 ExecStart=/usr/libexec/gpupdate/scripts_runner --mode USER --action LOGON --user sambauser3 (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 3778 (code=exited, status=0/SUCCESS)
      Tasks: 0 (limit: 1125)
     Memory: 0B
        CPU: 30ms
     CGroup: /user.slice/user-821801106.slice/user@821801106.service/app.slice/gpupdate-scripts-run-user.service

июн 17 03:04:06 altwks1.test.alt systemd[3653]: Starting Run Group Policy scripts for a user...
июн 17 03:04:06 altwks1.test.alt scripts_runner[3778]: Script run: ['/var/cache/gpupdate_scripts_cache/users/sambauser3/LOGON/00000_DATE.SH']
июн 17 03:04:06 altwks1.test.alt systemd[3653]: Finished Run Group Policy scripts for a user.
[sambauser3@altwks1 ~]$ ls -l --full-time /var/cache/gpupdate_scripts_cache/users/
итого 12
drwxr-xr-x 4 root root 4096 2024-06-17 02:54:14.107534575 +0300 sambauser1
drwxr-xr-x 4 root root 4096 2024-06-17 03:00:46.783233207 +0300 sambauser2
drwxr-xr-x 4 root root 4096 2024-06-17 03:04:06.437233762 +0300 sambauser3